Jean-Michel Thornary a été nommé le 30 juin 2016 en conseil des ministres à la tête du Commissariat Général à l'Egalité des Territoires. Cet ancien directeur général des services du Conseil régional d'Ile-de-France était conseiller maître à la Cour des Comptes depuis 2008.

Jean-Michel Thornary succède à Marie-Caroline Bonnet-Galzy, commissaire générale depuis le 1er juin 2014, qui est appelée à de nouvelles fonctions au Conseil d’État.